ในการทำบัญชีของกิจการ SME นั้นเป็นที่ทราบกันดีของนักบัญชีว่าจัดทำงบการเงินปิดบัญชีตามมาตรฐานบัญชี (NPAEs) แล้วในการยื่นเสียภาษีประจำปี นักบัญชีจะต้องทำการปรับปรุงบัญชีการเงินให้เป็นไปตามหลักการบัญชีภาษีอากร กล่าวคือ นักบัญชีจะต้องปรับปรุงบัญชีการเงินให้เป็นไปตามประมวลรัษฎากร ที่เกี่ยวข้องกับกิจการทุกมาตรา โดยเฉพาะมาตรา 65 ทวิ และ 65 ตรี ตลอดจนกฎหมายลำดับรองลงไป เช่น พระราชกฤษฎีกากฎกระทรวงประกาศอธิบดี เป็นต้น
แต่สำหรับกิจการ SME ที่ได้รับส่งเสริมการลงทุนจาก BOI นักบัญชีจะต้องปฏิบัติตามพระราชบัญญัติส่งเสริมการลงทุน ปี 2520 ซึ่งเป็นกฎหมายพิเศษที่มีข้อยกเว้นในการจัดเก็บอากรขาเข้าของกรมศุลกากรยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล ภาษี หัก ณ ที่จ่ายของเงินปันผลที่ผู้ถือหุ้นได้รับจากบริษัทตลอดจนหักค่าใช้จ่ายสาธารณูปโภคที่สามารถหักได้เพิ่มอีกเท่าตัว (เป็นเวลา 10 ปี) หรือนำผลขาดทุนสุทธิทางภาษีในช่วงที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุน (ได้รับยกเว้นภาษีสูงสุด 8 ปี) ซึ่งบริษัทจะนำไปหักออกจากกำไรสุทธิทางภาษีปีไหนก็ได้ เมื่อสิ้นสุดการได้รับการส่งเสริมการลงทุนแล้วภายในระยะเวลา 5 ปี รวมระยะเวลาสูงสุดถึง 13 ปี ยาวนานกว่าที่กำหนดไว้ในกฎหมายประมวลรัษฎากร ซึ่งมีกำหนดให้นำขาดทุนสุทธิยกมาได้ไม่เกิน 5 ปี
ฉะนั้นจึงเห็นได้ว่านักบัญชีที่ทำบัญชีของกิจการ SME ที่ได้รับการส่งเสริมการลงทุนนอกจากจะต้องมีความรู้ทางด้านกฎหมายภาษีอากรตามประมวลรัษฎากรแล้วนักบัญชีจะต้องมีความรู้เรื่องการขอยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลของ BOI และจะต้องปฏิบัติตามระเบียบในประกาศของ BOI
สำหรับการทำบัญชีให้กิจการ SME ที่ได้รับส่งเสริมการลงทุน นักบัญชีควรจะต้องวางแผนร่วมกับเจ้าของกิจการตั้งแต่เริ่มต้นการขอรับส่งเสริมการลงทุน ซึ่งมีสาระสำคัญเป็นอย่างมากในการขอได้รับสิทธิผลประโยชน์ทางด้านภาษีให้ครบถ้วน โดยเริ่มตั้งแต่ก่อสร้างโรงงานจนกระทั่งกิจการดำเนินงานที่ได้รับส่งเสริมการลงทุนที่มีสาระสำคัญบางข้อที่นักบัญชีควรรู้ เป็นต้น ดังนี้
