ตามปกตินั้นผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มมีหน้าที่ต้องคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อตามที่กำหนดไว้ในมาตรา 82/3 วรรคหนึ่งแห่งประมวลรัษฎากร ซึ่งผลจากการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มดังกล่าวทำให้เกิดส่วนต่างของภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อ โดยจะมีผลต่อภาระภาษีของผู้ประกอบการจดทะเบียนในหลายๆ เรื่องและในทางปฏิบัติมักเกิดกรณีโต้แย้งกันเสมอระหว ่างผู้เสียภาษีกับเจ้าหน้าที่ของกรมสรรพากรว่า ในกรณีใดเป็นภาษีขายหรือเป็นภาษีซื้อ และจะมีผลต่อการเครดิตภาษีหรือขอคืนภาษีว่าจะทำได้หรือไม่ นอกจากนี้ ในการกรอกแบบ ภ.พ.30 หากแสดงภาษีซื้อสูงไป เกินไป หรือผิดช่องหรือผิดพลาดด้วยประการใด ก็อาจต้องรับผิดเสียเบี้ยปรับตามมาตรา 89 แห่งประมวลรัษฎากรได้และเมื่อมีการปฏิบัติผิดพลาดจนเป็นเหตุให้ถูกประเมินภาษีเพิ่มเติม สาเหตุก็เนื่องมาจากการไม่เข้าใจในเนื้อหา หลักการ ระเบียบ แนวปฏิบัติบทบัญญัติ และแนววินิจฉัยของกรมสรรพากรดังนั้น หากได้ศึกษาทำความเข้าใจในเนื้อหาส่วนที่เกี่ยวข้องก็จะแก้ข้อสงสัยและสามารถปฏิบัติอย่างถูกต้องต่อไปได้ โดยผู้เขียนมีกรอบในการนำเสนอเรื่องข้อควรรู้เกี่ยวกับการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มซึ่งพิจารณาเนื้อหาตามลำดับดังนี้หลักทั่วไปในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มเนื่องจากสินค้าและบริการแต่ละประเภทต้องผ่านขบวนการผลิตและจัดจำหน่ายหลายขั้นตอนก่อนถึงผู้บริโภคเพื่อมิให้มีการจัดเก็บภาษีซ้ำซ้อนจากต้นทุนการผลิตและการให้บริการจำนวนเดียวกัน มาตรา 82/3 แห่งประมวลรัษฎากร จึงให้คำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มจากมูลค่าส่วนที่เพิ่มขึ้นของสินค้าหรือบริการในทุกขั้นตอนของการผลิตการขายสินค้าหรือการให้บริการเฉพาะส่วนที่ยังไม่ผ่านการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มมาก่อนวิธีการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มจากภาษีขายหักด้วยภาษีซื้อในแต่ละเดือนภาษีโดยอาศัยใบกำกับภาษีเป็นหลักฐาน ผู้ประกอบการในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม ต้องคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นรายเดือนเช่นเดียวกับระบบภาษีการค้าเดิมโดยมีขั้นตอนการคำนวณภาษี 2 ขั้นตอน
